
Κύριοι οικονομικοί τομείς της πόλης είναι ο τουρισμός, η γεωργία και το εμπόριο. Διαθέτει βιομηχανική περιοχή 4 χιλιόμετρα νοτιοανατολικά του κέντρου. Το Ηράκλειο διαθέτει επίσης ένα από τα μεγαλύτερα σήμερα σε κίνηση αεροδρόμια της Ελλάδας (δεύτερο στο σύνολο μετά της Αθήνας και πρώτο σε πτήσεις τσάρτερ), το αεροδρόμιο "Νίκος Καζαντζάκης", καθώς και λιμάνι με πυκνή ακτοπλοϊκή συγκοινωνία κυρίως με τον Πειραιά και άλλα νησιά παρουσιάζοντας μεγάλη κίνηση επιβατών και εμπορευμάτων.
Πέραν της Αθήνας και της Θεσσαλονίκης το Ηράκλειο είναι η μοναδική πόλη στον ελλαδικό χώρο που εμπεριέχει μέσα στον ίδιο πολεοδομικό ιστό τις έδρες δυο διαφορετικών καλλικρατικών δήμων. Το Ηράκλειο από τον ομώνυμο δήμο με 140.730 κατοίκους, και το Γάζι (12.606 κατοίκους) από τον δήμο Μαλεβιζίου, που μαζί με τη πόλη της Νέας Αλικαρνασσού (14.635) και άλλους μικρότερους παρακείμενους οικισμούς, αποτελούν πολεοδομικό συγκρότημα από τα μεγαλύτερα της χώρας.